2006年10月12日から2006年12月21日まで、『Dr.コトー診療所2004』の続編として放送された。前作と同じく木曜劇場の枠での放送。また、近年では珍しく、前期と同じ主題歌、同じタイトルバック、同じエンドバックが使用されていた。なお、前シリーズでは、夏のシーンが夏に放送されただけだったが、このシリーズではドラマ中で、春から冬（12月）までの四季の移り変わりが描かれていた。また、前シリーズでは比較的医療ドラマ的な要素が強くコトーが話の中心となることが多かったが、このシリーズでは、島の住民たちの生活などが多めに描かれており、ひとりの医者の物語から志木那島全体の物語へと変化していた。
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thumb|300px|志木那島診療所のロケ地（与那国島）
沖縄県八重山列島に在るとされる架空の島志木那島（しきなじま）を主な舞台とするドラマ版『Dr．コトー診療所』は2003年に連続ドラマとして第1シリーズが制作され、2004年には特別編とスペシャル編、2006年に第2シリーズと計4作が制作された一連のドラマ作品である。ロケ地となった与那国島の自然が美しく、離島での過酷な医療状況とともに、島でのゆったりとした時間の流れや人間関係が情緒豊かに描かれている。また、都会から島にやってきた人の視点と島の人が外来者を見た視点が対照的に描かれ、時には誤解が生じたり、お互いを傷つけることもあるが、忘れてしまっていた大切なコトにお互いに気付きはじめ、相互に影響しあいながら少しずつ信頼関係を築いてゆく姿が描き込まれている。
富良野塾出身である脚本家の吉田紀子と、主人公のコトー役の吉岡秀隆をはじめとする役者陣の演技や、演出家の中江功をはじめとするスタッフ陣、中島みゆきの主題歌や吉俣良の劇中音楽など、それまでの医療ドラマの視点とは異なる作品になっている。
フジテレビ系列で、2003年7月3日から同年9月11日まで木曜劇場の枠で放送された第1シリーズ。初回は30分拡大、最終回は15分拡大（プロ野球中継などのスポーツ中継によって放送時間が繰り下げの場合もあり）。
東京の大学病院で外科医をしていた五島健助が星野正一とともに漁船に乗り込み、本土（沖縄本島）から6時間かかる志木那島をめざして洋上を行くところからドラマは始まる。それは島の診療所に常駐してくれる医師を長年さがし続けている、志木那村役場の民生課長星野の要請だった。星野の娘で看護師の彩佳や役場の職員で診療所事務長の和田をスタッフとして張り切る五島だったが、それまでの経緯から島の医師を信用しない島民らは全く診療所に寄りつかない。最初の患者となった島の少年から感謝のしるしとして贈られた診療所の旗に「ドクターコトー診療所」と記されていたため、以来五島は島民からコトーと呼ばれることになる。コトーの医師としての技量の確かさと誠実な人がらはしだいに島民らに受け入れられ、交流を深めていった。そんななかコトーが大学病院を辞めるきっかけとなった医療事故の関係者巽謙司が来島し、最終話に向けて島民を巻きこむ大波乱となる。
キャスト
; ''レギュラー出演''
* 五島健助： 吉岡秀隆
* 星野彩佳： 柴咲コウ
* 原剛利： 時任三郎
* 原剛洋： 富岡涼
* 西山茉莉子： 大塚寧々
* 星野昌代： 朝加真由美
* 坂野 孝： 大森南朋
* 中村三郎： 坂本長利
* 山下明夫： 今福將雄
* 山下一夫： 納谷真大
* 山下道子： 森上千絵
* 山下邦夫： 春山幹介
* 宮野純平： 池田晃信
* 宮野真由美： 谷本真美
* 中村愁子： 大後寿々花
* 川畑夏美： 大畑稚菜
* 山下努： 船木誠勝
* 山下春江： 高橋史子
* 山下信一： 斉藤大貴
* 山下桃子： 松本梨菜
* 山下巌： 谷津勲
* 山下茂： 松田史朗
* 元木渡： 山西惇
* 橋口俊： 塩谷瞬
* 熊木圭介： 熊耳宏之
* 脇田実： 栗脇高志
* 南佑介： 東誠一郎
* 原沢咲： 石田ゆり子
* 内つる子： 千石規子
* 和田一範： 筧利夫
* 安藤重雄： 泉谷しげる
* 星野正一： 小林薫
; ''ゲスト出演''
* 笠井ミツエ： 箕浦康子 （第1話）
* 内誠： 國村隼 （第2話）
* 坂野ゆかり： 桜井幸子（第3話）
* 坂野達郎： 高橋征郎（第3話）
* 坂野和枝： 田畑ゆり（第3話）
* 高村： 中根徹（第3話）
* 芦田ゆき： 木村佳乃（第4・5話）
* 芦田雄一郎： 竜雷太（第4・5話）
* 安部純一： 井澤健（第4・5話）
* 安部広子： 白川和子（第4・5話）
* 柏木秀一： 宇崎慧（第5話）
* 杉本竜一： 神木隆之介（第4・5・6・7話）
* 安藤リカ： 伊藤歩（第7話）
* 古川徹： 柏原収史（第7話）
* 巽謙司： 津田寛治（第9・10話）
* 巽久美子： 浅見れいな（第9・10話）
* 三上新一： 山崎樹範（第10・11話&特別編）
* 奥村史朗： 大和田伸也 （第11話&特別編）
* 熊谷英夫： 勝部演之 （第11話&特別編）
* 北見康代： キムラ緑子（特別編/第1夜・第2夜）
* 荻野ツネ： 大方斐紗子（特別編/第1夜・第2夜）
* 小沢信二： 光石研（2004スペシャル/前編・後編）
* 小沢小百合： 神野三鈴（2004スペシャル/前編・後編）
* 小沢ひな： 尾崎千瑛（2004スペシャル/前編・後編）
2004年1月9、10日の2夜連続でフジテレビ系列の新春ドラマスペシャルとして『Dr.コトー診療所 特別編』が放送された。放送時点でのコトーの回想という形で2003年版の主要エピソードを特別編集した内容だが、サイドストーリーとして北海道にある礼別島（れべつとう：架空の島）診療所での三上新一医師のエピソードが挿入されている。尚、志木那島での新撮場面にはコトーと和田、島の少年たちの他にはレギュラー出演者は登場しない。
志木那島で新年を迎えたコトーのもとに三上医師からの手紙が届く。大学病院を辞した三上はコトーと同じように僻地医療を担うべく、礼別島に赴任していた。島の医師は自分1人という責任の重さと、島民に信頼されない焦りとの苦悩をつづった文面から、コトーは自分が初めて志木那島に来たときの事を思い出していた（そこから回想シーンが始まる）。そして三上に励ましの手紙を書くコトー。三上は患者となった１人暮らしの老女との交流を通して島の医師としての手応えをつかんで行く。
2004年11月12日、13日に2夜連続のドラマスペシャルとして『Dr.コトー診療所2004』が放送された。2003年第1シリーズの続編として完全新撮されたもので、コトーの身近な人たちを襲う悲劇や苦渋の選択をする姿が描かれている。尚、当初の放送予定は10月であったが、相次ぐ台風のため収録に手間取り、放送が遅れる経緯があった。
島を挙げての祭りのさなか星野昌代が家で倒れているのを、診療所から戻った娘の彩佳が発見した。コトーの緊急手術により一命を取り留めたものの、脳梗塞の後遺症が残り、右半身が不自由になってしまう。昌代の異変に気付かなかったことで、夫の正一や彩佳は後々まで自分を責め続けることになる。一方、コトーに憧れ医師を目指す島の少年、原剛洋は島を出て東京の私立中学受験を決意する。漁師では充分な学資が得られないと考えた父の剛利は、漁船を手放し本土に出稼ぎに行く決断をする。
2006年10月12日から2006年12月21日まで、『Dr.コトー診療所2004』の続編として放送された。前作と同じく木曜劇場の枠での放送。全11回。初回と最終回は30分拡大して放送。また、近年では珍しく、前期と同じ主題歌、同じタイトルバック、同じエンドバックが使用されていた。なお、前シリーズでは、夏のシーンが夏に放送されただけだったが、このシリーズではドラマ中で、春から冬（12月）までの四季の移り変わりが描かれていた。
キャスト
* 五島健助： 吉岡秀隆
* 星野彩佳： 柴咲コウ
* 仲依ミナ： 蒼井優
* 原剛利： 時任三郎
* 原剛洋： 富岡涼
* 西山茉莉子： 大塚寧々
* 星野昌代： 朝加真由美
* 坂野孝： 大森南朋
* 坂野ゆかり： 桜井幸子
* 坂野千賀： 畠山彩奈
* 中村三郎： 坂本長利
* 山下一夫： 納谷真大
* 山下道子： 森上千絵
* 山下邦夫： 春山幹介
* 宮野純平： 池田晃信
* 元木渡： 山西惇
* 山下努： 船木誠勝
* 山下春江： 高橋史子
* 山下信一： 石川眞吾
* 山下桃子： 松本梨菜
* 小沢信二： 光石研
* 小沢小百合： 神野三鈴
* 小沢ひな： 尾崎千瑛
* 川畑夏美： 大畑稚菜
* 中村愁子： 大後寿々花
* 山下巌： 谷津勲
* 山下茂： 松田史朗
* 原和子： 増子倭文江
* 剛洋の叔父： 妹尾正文
* 宮野真人： 細田よしひこ
* 熊木圭介： 熊耳宏之
* 脇田実： 栗脇高志
* 南佑介： 東誠一郎
* 洋平： 宮嶋剛史
* 鳴海慧： 堺雅人
* 安藤重雄： 泉谷しげる
* 和田一範： 筧利夫
* 星野正一： 小林薫
; ''ゲスト出演''
* 剛利の元同僚： 北見敏之 （第1・3・4話）
* 山下左千夫： 石橋蓮司 （第2・11話）※11話は写真
* 島民： 山田貴敏 （第2話のモブで特別出演）
* 宮野博： 山崎銀之丞（第4話）
* 坂野和枝： 田畑ゆり（第7・8話）
* 仲依知明： 忍成修吾（第9話）
* 三上新一： 山崎樹範（第10・11話）
* 五島沙知子： 宮本信子（第11話）
* 企画： 杉尾敦弘
* 原作： 山田貴敏
* 脚本： 吉田紀子
* 音楽： 吉俣良
* 主題歌 「銀の龍の背に乗って」 唄: 中島みゆき（作詞・作曲：中島みゆき、Album「恋文」に収録）
* 挿入歌 「思い出だけではつらすぎる」 唄: 柴咲コウ（作詞・作曲：中島みゆき、Album「蜜」に収録）
* 演出（第1シリーズ）： 中江功、小林和宏、平井秀樹
* 演出（第2シリーズ）： 中江功、平井秀樹、高木健太郎
* プロデュース（第1シリーズ）： 土屋健
* プロデュース（第2シリーズ）： 中江功、増本淳、塚田洋子
* 協力プロデュース： 東海林秀文
* 制作統括： 大多亮
* 原案協力： 上阪泰幸、宇都宮紀子、山川恵一（小学館「週刊ヤングサンデー」編集部）
* 取材協力： 鹿児島県下甑村立（現薩摩川内市）手打診療所
* 協力： 沖縄県、与那国町、日本航空、日本トランスオーシャン航空、沖縄テレビ放送、渋谷ビデオスタジオほか
* 制作著作： フジテレビ
※中島みゆきのアルバム「恋文」には「思い出だけではつらすぎる」のセルフカヴァーが収録されている。
; Dr.コトー診療所2003（第1シリーズ）
; 特別編・2004スペシャル（2004年）
; Dr.コトー診療所2006（第2シリーズ）
※（「 」）内はDVD-BOXで改題されたタイトル
第1シリーズの平均・最高視聴率ともに2003年7月期の連続ドラマで1位となった。第2シリーズの初回視聴率は木曜劇場初回視聴率の歴代最高記録である。第2シリーズの最終回視聴率は2006年の連続ドラマ最終回視聴率1位ととなった（視聴率はビデオリサーチ調べ、関東地区） 。
2004年 第12回、2006年 第15回 橋田賞、2003年 第38回 ザテレビジョンドラマアカデミー賞最優秀作品賞、主演男優賞、主題歌賞、監督賞、脚本賞、劇中音楽賞、キャスティング賞
放送日||放送日||各話||サブタイトル||演出||視聴率
10月12日||10月12日||第1話||二人の約束||rowspan="2"|中江 功||23.2%
10月19日||10月19日||第2話||最後の言葉
（「それぞれの門出」）||21.5%
10月26日||10月26日||第3話||秘密の贈り物
（「忘れられた記念日」）||平井秀樹||21.6%
11月2日||11月2日||第4話||父のあやまち||高木健太郎||22.3%
11月9日||11月9日||第5話||荒海に漂う命||平井秀樹||21.9%
11月16日||11月16日||第6話||息子への誓い
（「帰るべき場所」）||rowspan="3"|中江 功||style="color: blue;"|19.1%
11月23日||11月23日||第7話||命の期限||21.1%
11月30日||11月30日||第8話||幸福への決断||21.8%
12月7日||12月7日||第9話||愛を乞う者||高木健太郎||22.0%
12月14日||12月14日||第10話||失われた信頼
（「切り裂かれた夢」）||rowspan="2"|中江 功||23.0%
12月21日||12月21日||第11話||逃れられぬ、医師の宿命
（「医師の宿命」）||style="color: #ff0000;"|25.9%
平均視聴率 22.1%||平均視聴率 22.1%
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